La Agrupación de Cofradías de Semana Santa de Málaga se instituyó el día veinte de enero del año 1921. El acta fundacional fue firmada, en la sacristía de la desaparecida iglesia de la Merced, por los hermanos mayores de las hermandades de Jesús el Rico; la Sangre; del Paso; del Santo Sepulcro; de la Misericordia, de la Puente; de la Expiración; de Azotes y Columna, Exaltación y Mayor Dolor de la Santa Vera Cruz; de la Soledad de San Pablo; de la Oración en el Huerto y Concepción Dolorosa; de la Pollinica; y de Nuestra señora de la Victoria. Como primer presidente fue elegido el de la hermandad más antigua, la archicofradía de la Sangre, Antonio Baena Gómez. Más tarde se incorporaron otras hermandades: en febrero de 1921, la de la Buena Muerte y Ánimas y Nuestra Señora de la Soledad; en 1922, la de la Amargura (Zamarrilla), en 1923 la de la Humildad; en 1924 las de la Columna, Humillación; Rescate, Amor y Sagrada Cena Sacramental; en 1925 la de los Pasos en el Monte Calvario; en 1926 la del Sagrado Descendimiento; en 1928 la de la Piedad. La constitución de esta entidad estableció un hecho novedoso; fue la primera de las de su género que se instituyó en España.
        La Agrupación de Cofradías nació con la finalidad de fomentar la piedad y caridad cristiana, encauzar dentro del mayor fervor y suntuosidad las procesiones de la Semana Mayor malagueña y que las cofradías y hermandades pasionistas a ella acogidas se estimasen mutuamente y auxiliasen en las necesidades y manifestaciones de culto. Del mismo modo, se intentaba prestigiar la labor que desarrollaban las cofradías al tiempo que se trataba de conseguir de las instancias municipales y del comercio en general el apoyo y la ayuda económica necesaria para realzar la Semana Santa.
        A partir de la creación de esta asociación, se debe entender la fenomenología de la Semana Santa malagueña como un hecho colectivo, frente al individualismo que había sido la tónica dominante hasta este momento.
        Esta entidad trazó las normas por las que se debían regir las procesiones para conseguir una suntuosidad y un protagonismo propio. Por vez primera se produjo un acuerdo en la fijación de horarios a seguir por cada hermandad y en la obligatoriedad de realizar una parte del itinerario común a todas las procesiones, es lo que se denominó "carrera oficial" y que estaba constituido por las principales vías céntricas de la ciudad. Allí se instalaban sillas y tribunas, lo que generaba beneficios económicos. Su sede se situaba en la Alameda Principal. En 1921 organizó la primera salida procesional de la imagen del Cristo Resucitado que se erige como titular de la Agrupación de Cofradías.
La propaganda seguida por la entidad se enmarcó en varios apartados: edición de los carteles anunciadores, de publicaciones periódicas (entre ellas La Saeta, que se erigiría como el denominado "Órgano Oficial de la Agrupación de Cofradías de Semana Santa de Málaga"), de folletos divulgativos -en ocasiones en varios idiomas-, realización de emisiones radiofónicas -locales y nacionales-, ciclo de conferencias en Madrid; proliferación de anuncios -especialmente en la capital de España- en los que de forma llamativa se reclamaba la presencia en una ciudad de la que se hacía especial mención de la benignidad de su clima, al tiempo que términos como "arte", "lujo"... señalaban la manera de concebir la Semana Santa, etc.
La primera crisis por la que atravesó la Agrupación de Cofradía se enmarcó en los denominados sucesos de mayo de 1931 que ocasionaron la práctica destrucción del patrimonio cofrade malagueño.
Tras unos primeros momentos en los que incluso se llegó a debatir la desaparición de la asociación, las actividades desarrolladas se circunscribieron a las de índole interna. Tras la expresión de un cierto apoyo popular, en 1935 se reanudan las procesiones aunque no con la suntuosidad de la que habían hecho gala en los años anteriores. En 1935 fue elegido como presidente de la Agrupación de Cofradías el hermano mayor de la cofradía de la Expiración, Enrique Navarro Torres. Tras el paréntesis habido a partir de 1936 con la guerra civil y culminada la toma de la ciudad por las tropas del general Queipo de Llano, en febrero de 1937, la Semana Santa de Málaga renacería a partir de 1939.
En 1938, la Agrupación se planteó la solución de los tres problemas más urgentes: la recuperación de la Semana Santa y el restablecimiento de las cofradías agrupadas, la búsqueda de una sede (que se estableció en la calle Luis de Velázquez) y la actualización de las reglas o estatutos según las necesidades que, en dicha época, se tenían.
A partir de 1939, la Agrupación intensifica sus actividades a la búsqueda de nuevos ingresos con los que poder llevar a términos sus proyectos. Los ingresos económicos se recibían de las sillas y tribunas, venta de Lotería de Navidad, cuestación pro Semana Santa, donativos y subvenciones. También se volvieron a editar los carteles anunciadores así como se mostró la actividad cofrade malagueña fuera de los límites provinciales.
La Agrupación de Cofradías participó activamente en la organización de la coronación de la patrona de la ciudad Santa María de la Victoria (8 de febrero de 1943).
En 1945, Alfonso Sell Aloy releva en el cargo de Presidente a Enrique Navarro Torres. Permaneció en el cargo hasta 1948. En este período se siguieron las pautas establecidas en la época anterior. A pesar de los problemas económicos, y las consiguientes dificultades para conseguir el normal desarrollo de las procesiones éstas se continuaban celebrando.
En 1946 se procesiona la nueva imagen del titular de la Agrupación de Cofradías: el Santísimo Cristo Resucitado, obra de José Capuz. En 1947 se vuelve a editar la revista La Saeta.
Entre 1948 y 1949 dirige los destinos agrupacionistas Dionisio Ric Sánchez. Si bien permanecieron los principales problemas, fundamentalmente el económico, los diez meses en los que ostentó el cargo se consideran como de "serenidad cofrade". En 1949 es nombrado como presidente José Álvarez Gómez. Su gestión estuvo marcada por la parquedad de los gastos y la búsqueda de nuevos ingresos. También se aprobaron unas nuevas reglas de funcionamiento para la institución. Una de las novedades más significativas que aportó fue que a partir de su aprobación, eran las distintas cofradías las que tenían que abonar sus emolumentos a los hombres de trono; la Agrupación de Cofradías se desligaba de esta obligación. Dentro del proyecto propagandístico de esta época, en 1951 arranca definitivamente el Pregón de Semana Santa cuando lo pronuncia el P. Juan Benavent en el teatro Cervantes. No obstante ya se habían celebrado en años anteriores. En 1954, dimite el Presidente Álvarez Gómez por motivos de salud y le sustituye Enrique Navarro Torres que inicia un segundo mandato. Esta nueva etapa viene marcada por un intento de renovación que tiene sus causas en la superación del déficit que se arrastraba, en la necesidad de elevar el nivel artístico y en la potenciación de la autonomía de cada cofradía en materias como contratos con hombres de trono, suministros necesarios para la procesión, etc. Del mismo modo no se olvidó la difusión de la Semana Santa; a los carteles, pregón, edición de sellos, folletos, retransmisiones, programas de radio, etc., se suma el estreno de una película -Amanecer en Puerta Oscura- que incorporaba en una de sus escenas la liberación del penado que cada Miércoles Santo realiza Nuestro Padre Jesús el Rico. A partir de 1955 la Agrupación cambia su sede estableciéndola en la calle Alarcón Luján, número 8.
  Durante los años sesenta se continúa la labor agrupacionista en parámetros semejantes a los de años anteriores, fundamentalmente en lo relacionado con la divulgación. También, desde la Agrupación se insiste en la necesidad de mejorar la calidad artística de algunos tronos. En esta época se detecta la que se puede considerar como la crisis más profunda habida en el seno agrupacionista desde la época de la Guerra Civil. A las arcaicas estructuras de la Agrupación se unía el escaso interés de algunos dirigentes cofrades de asistir a las juntas; a ello se añadió el problema de la contratación de los hombres de trono. A partir de esta fecha, algunas cofradías comienzan a incorporar a sus componentes como hombres de trono. Ésta fue la solución. Paulatinamente y en los años siguientes, las distintas hermandades fueron sustituyendo a los portadores asalariados por "hombres de trono hermanos cofrades". Este hecho a medio plazo solucionó el que tradicionalmente había sido un problema en la actividad cofrade. Hay que tener presente que esta época también fue de crisis económica. La "cultura turística" de la Málaga de la época, conllevó que se solicitara para la Semana Santa la adjudicación de fiesta de interés turístico, lo que se concedió en 1965.
La intervención del prelado malacitano Ángel Herrera Oria en materia cofrade seguía los parámetros de la década anterior, si bien en los años sesenta se centró fundamentalmente en tres vertientes: compostura y orden interno en las procesiones, cumplimiento de los horarios y sentido del pregón.
En 1969 dimitió el presidente Navarro Torres y fue elegido para sustituirle José Salcedo. En 1971, sin grandes actos, se celebró el 50º aniversario de la fundación agrupacional. Ese mismo año se produjo un hecho singular. Un grupo de cofrades reclamó de la Agrupación un mayor protagonismo de las Juntas de Gobierno y no sólo de los hermanos mayores como había sucedido hasta el momento, al tiempo que estimaban imprescindible un cambio en los estatutos. La actitud de estos jóvenes (un total de 492 firmaron el escrito), conocidos como "contestatarios" consiguió iniciar un nuevo camino. Ante la dimisión del presidente Salcedo se eligió como nuevo mandatario al hermano mayor de la cofradía de Estudiantes, José Atencia García. Cuestiones como actividades propagandísticas, apertura a la juventud, renovación de cargos, celebración de actos, etc., se resolvieron; pero quedaron pendientes otros como el relevo en los cargos de hermano mayor en algunas cofradías, aspectos económicos, etc. Del mismo modo se obtuvo del Obispado la cesión del edificio del antiguo hospital de San Julián para que fuese sede de la Agrupación. En 1973 se concedió a la Agrupación de Cofradías la medalla de oro de la ciudad. En 1977, aún pendiente la renovación estatutaria y con una difícil situación económica, dimite el presidente Atencia. Le sucede en el cargo Federico del Alcázar García, hermano mayor de la hermandad de la Amargura (Zamarrilla). Las relaciones con el obispado atraviesan un período difícil debido fundamentalmente a la exigencia episcopal de que las cofradías renovasen sus estatutos para adaptarlos a lo dispuesto en las "Bases de estatutos de las cofradías de Semana Santa y hermandades de culto y procesión de la diócesis de Málaga". Fueron elaboradas por el prelado Ramón Buxarrais.
En 1978 es nombrado como presidente agrupacional el hermano mayor de la Archicofradía del Paso y la Esperanza, Carlos Gómez Raggio
A partir de dicho año se registra un fenómeno que demostraba el nuevo empuje del mundo cofrade. Se trata de la fundación de las llamadas "nuevas cofradías". Surgen con un espíritu renovador, austeridad penitencial, ausencia de lazos con instituciones sociales o políticas y con la aspiración de volver a los orígenes del sentido de la procesión: realizar la estación de penitencia en la catedral. Carlos Gómez, tras conseguir el saneamiento económico de la entidad expresa su deseo de dejar el cargo.
En 1979 es nombrado como nuevo Presidente Francisco Hermoso quien permanece en el mismo hasta 1980 cuando le sustituye el hermano mayor de la congregación de Mena, Francisco Fernández Verni. Durante estos años se cumple un ambicioso programa de reformas. Destaca no sólo el saneamiento económico sino la adaptación a los nuevos tiempos, el impulso a las obras de restauración de la futura sede así como las reformas estatutarias sin olvidar la participación real de las cofradías en la labor agrupacional.
En 1982 fue elegido como nuevo presidente el hermano mayor de la cofradía de la Oración en el Huerto, Francisco Toledo Gómez. Durante su mandato se procede a la elaboración de un nuevo proyecto de estatutos y se consigue inaugurar la nueva sede de la Agrupación en antiguo hospital de San Julián, lo que sucede el 17 de diciembre de 1988.
La agrupación cofrade participa activamente en las coronaciones canónicas de María Santísima de los Dolores de la cofradía de la Expiración (4 de octubre de 1986) y de María Santísima de la Esperanza, de la archicofradía del Paso y la Esperanza (18 de junio de 1988).
El año 1988 las puertas de la catedral malagueña se abrieron permitiendo que las cofradías realizaran su estación de penitencia en el interior del primer templo. En la década de los ochenta se revitalizan una serie de actividades paralelas a la Semana Santa: reedición de la revista La Saeta, organización de exposiciones, pregón oficial que se celebra (a partir de 1988) de nuevo en el teatro Cervantes, su marco tradicional, etc.
En 1991 resultó elegido como presidente, el hermano mayor de la cofradía de la Pollinica, Jesús Saborido Sánchez, quien ocupó el cargo hasta 1997.
En este período se procedió a restaurar el patrimonio pictórico de la iglesia de San Julián, al tiempo que se realizan diversas reformas en la sede agrupacional. El 8 de diciembre de 1993 era bendecida la imagen de María Santísima Reina de los Cielos, cotitular de la Agrupación. En 1995 realizó su primera procesión por el recorrido oficial en un trono aún sin terminar, haciéndolo bajo palio el Domingo de Resurrección de 1996. A las diversas exposiciones celebradas, se añade la celebración del 75º aniversario agrupacional, lo que sucede en 1996 con diversos actos.
En 1997 fue elegido como presidente agrupacional el hermano mayor de la cofradía de la Humildad (Ecce Homo), Clemente Solo de Zaldívar López, siendo reelegido en el cargo en las elecciones celebradas el año 2000.
En 1998, por vez primera, una obra de Pablo Ruiz Picasso se convirtió en cartel anunciador de la Semana Santa.
En 1999 se editó el primer número de la denominada "Saeta de Otoño. De este modo, la publicación se convierte en semestral.
Con motivo de los actos previstos por el Jubileo del 2000, la Agrupación de Cofradías organizó un Vía Crucis en el que participaron catorce hermandades que realizaron una procesión extraordinaria en sus tronos procesionales. Se celebró el día 25 de marzo de 2000. Las cofradías que representaron las catorce estaciones fueron las del Huerto, Rescate, Humillación, Columna, Humildad, Nazareno del Paso, Pasión, Salutación, Perdón, Cristo de las Penas, Expiración, Sangre, Descendimiento y Sepulcro. Este evento fue anunciado por un cartel obra de José Palma Santander.
La Agrupación de Cofradías, representando al pueblo de Málaga, actuó como padrino en el acto de coronación canónica de María Santísima de la Trinidad, hecho acaecido el sábado 21 de octubre de 2000.
En la sede de la Agrupación se ha procedido a cambiar de destino algunas dependencias (archivo agrupacional, etc.) todo ello como un primer paso para proceder a la ejecución del que está llamado a conformar el Museo de las Cofradías de Málaga.
Actualmente ostenta la Presidencia el Hermano Mayor de la Hermandad del Rescate, Rafael Ángel Recio Romero.