La Hermandad fue fundada el 30 de Abril de 1.694 por la comunidad de religiosos de la Real y Militar Orden de la Merced, en el desaparecido Convento de la Merced. En su origen, la Hermandad, nace con carácter filial, asociada a la Archicofradía de la Sangre. Las primeras Reglas fueron aprobadas dos años más tarde, en 1.696. En el siglo XVIII se independiza y se consolida, siendo conocida popularmente como “el balcón de Pilatos” en clara alusión a la iconografía del  antiguo misterio.
En 1.923 se integró en la Agrupación de Cofradías, de la que formó parte activa en su fundación en 1.921. En los comienzos del siglo XX es popularmente denominada como los “Servitas Blancos” por su sobriedad. En 1.924 realiza su última salida procesional desde la Parroquia de Santiago, quedando posteriormente disuelta. En 1.931 fueron destruidas sus imágenes y su patrimonio.
La Hermandad se reorganizó en 1.980 por un grupo de cofrades dirigidos por D. Juan B. Casielles del Nido.En esta etapa se incorpora la advocación de Nuestra Madre y Señora de la Merced.En 1.986 reingresó en la Agrupación y diez años después realizó la primera salida bajo palio, Nuestra Madre y Señora de la Merced acompañada del Discípulo amado, San Juan Evangelista.