Desde la fundación de la Agrupación de Cofradías en 1921 se viene hablando de crear un Museo. Aunque en esos momentos sólo fuese una utopía, el Museo sería para los cofrades la mejor propaganda para las hermandades malagueñas.

En 1943, la Agrupación de Cofradías proponía dos edificios religiosos como posibles sedes del Museo: uno era el Convento del Císter, donde precisamente hoy se expone una interesante muestra de arte religioso propiedad de dicho monasterio, y el otro era la desaparecida Iglesia de la Merced, con una dilatada vida cofrade y que se hallaba en aquel momento en vías de restauración tras su incendio en mayo de 1931.

No debió olvidarse la idea del Museo en el seno de la Agrupación cuando en la Asamblea de Turismo celebrada en 1964 en el Gobierno Civil se trató de la ayuda estatal que debería prestarse a la misma para que fueran expuestos los enseres “a fin de ser admirados por los forasteros que visitan nuestra ciudad”.

En 1967 se inauguró la Casa-Museo de la Cofradía de la Expiración, constituyendo esa primera exposición permanente de patrimonio cofrade que tuvo una Cofradía malagueña.

En 1975 aparece un decreto del Obispo de Málaga, Ramón Buxarrais, creando el Museo Diocesano y de las Cofradías con sede en el antiguo Hospital de San Julián. Un año más tarde, siendo Presidente de la Agrupación José Atencia García, un nuevo decreto modifica al anterior y se adscribe a la Agrupación de Cofradías la iglesia y hospital de San Julián, para que fuese sede canónica y social de la misma y para la instalación, en las salas del antiguo hospital, de su propio Museo.
     
En el mes de Octubre de ese mismo año, el arquitecto diocesano Enrique Atencia redacta el primer proyecto de restauración y reconstrucción de San Julián para el nuevo fin a que se destinaba. A partir de ahí se inician una serie de contactos con distintas instituciones para recabar las oportunas ayudas para la restauración del inmueble. De esa manera, siendo presidente Federico del Alcázar y García (1977-1978) se presentó dicha memoria al gobernador civil de Málaga, Enrique Riverola Pelayo, quien se puso en contacto con el delegado en Málaga del Ministerio de la Vivienda, Antonio de la Torre Silvestre, consiguiéndose una primera asignación presupuestaria.

En 1978 comenzaron las obras de la primera fase del proyecto que se ocuparon del edificio del Hospital, siendo sufragadas por la Dirección General de Arquitectura del Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo.

En el mes de julio de 1980 se habían iniciado las obras de la segunda fase consistentes en el acondicionamiento de la iglesia, la casa-hogar y dependencias administrativas, y en enero de 1983 comienzan los trabajos de reconstrucción de la zona del patio llamado del “Pabellón Mudéjar”.

En 1983, la  Agrupación de Cofradías pudo celebrar la primera misa de acción de gracias en la iglesia.     

Las obras de restauración estaban prácticamente concluidas en el verano de 1987 y tras volverse a pintar la fachada de la iglesia, el 17 de diciembre de 1988 fue inaugurado el edificio, siendo presidente de la entidad Francisco Toledo Gómez.

Concluidas estas actuaciones arquitectónicas y puesto ya el edificio en uso, se instaló en el mismo la sede de la Agrupación de Cofradías, que ocupa las dependencias de lo que se ha venido en llamar pabellón mudéjar y las que forman parte del edificio principal. Es decir, el patio y las salas del antiguo hospital quedaron a la espera de albergar el tan anhelado museo.

Mientras tanto, se iniciaron en estas salas una serie de muestras temporales de patrimonio cofrade, de exposiciones monográficas, de concursos que hicieron posible que la idea de la instalación del museo nunca quedase en el olvido. De esa manera el 12 de Marzo de 1990 se inauguró la exposición “Los otros personajes de la Pasión. Figuras secundarias en los grupos escultóricos malagueños” en el espacio que ocupará el futuro museo. Y haciéndose continuadoras de dicha idea, entre 1991 y 1995 se mantuvo la costumbre de organizar en Cuaresma una exposición monográfica de contenido cofrade: “Entre el símbolo y sombra. La mujer en el mundo cofrade malagueño”, “Juan B. Casielles del Nido”, “Artistas y artesanos malagueños contemporáneos”, “La Pasión en Vélez-Málaga”  y “La Semana Santa de Campillos” fueron los temas tratados.     
Ya en 1998, siendo Presidente de la entidad Clemente Solo de Zaldívar, la Agrupación de Cofradías entró en contacto con la empresa Promálaga, para proponerle la realización del Museo, lo que abrió el camino hacia el Ayuntamiento de la ciudad a fin de involucrarlo directamente en el proyecto, manteniéndose a este fin conversaciones con la Concejalía de Cultura y Turismo. De estos contactos se consigue que tanto el Área de Turismo del Ayuntamiento de Málaga como la Delegación de Turismo de la Junta de Andalucía aporten cada uno el 50% del importe de cada una de las fases a realizar.

A partir de ahí se entra en contacto con el equipo de arquitectos formado por Rafael Martín Delgado, Isabel Cámara y Antonio Díaz para que realicen el proyecto de rehabilitación del edifico a fin de adecuarlo al uso museístico, quedando redactado el proyecto básico en noviembre de 2000.

 El Boletín Oficial de la Provincia de 29 de Enero de 2002 aparece publicado el anuncio del concurso para contratar las obras del proyecto del Museo de Cofradías, adjudicándose a Construcciones Picaso S.L., que inicia el replanteo de la misma el 30 de mayo de 2002. A finales de febrero de 2003 se concluyen las obras de la 1ª fase. En mayo de 2004 se firma el contrato de la segunda fase, haciéndose entrega de las obras al año siguiente.

A finales de 2005 se publica en el BOP el concurso para adjudicar la tercera y última fase, consistente en la instalación museística siguiendo el proyecto museológico presentado por la Agrupación de Cofradías que fue redactado por Jesús Castellanos. Concluida dicha fase, el Museo de la Semana Santa de Málaga quedó bendecido e inaugurado el día 4 de marzo de 2010 por el Excmo. Sr. Obispo de la Diócesis con la presencia del Delegado de Turismo de la Junta de Andalucía y del Alcalde de la ciudad de Málaga.